バレーコードはシェイクハンドフォームで押さえてもOKですか？

構いません。

コードを押さえる際の指使いに指定はありませんので、親指を６弦側から回してきて押さえる“シェイクハンドフォーム”で押さえていただいても採点に影響はありません。